歧和矛盾，他仅仅履职三个月之后，便被迫上书辞官，回到忻州老家“赋闲”。

天启二年，白莲教贼首徐鸿儒于山东兖州起兵造反，自称“中兴福帝”，麾下叛军先后攻克多座重镇，并一度中断了漕运，让整个齐鲁大地笼罩在战争的阴影下。

消息传回京师，不知所措的天启皇帝在彼时山东监军的建议下，起复杨肇基为“山东总兵官”，令其就地招募兵丁，平定这场发生在大明腹地的叛乱，战后升任右都督，并坐镇登莱。

可惜好景不长，因同样与当地的官员们发生争执，他又在坐镇登莱仅仅两个月后，便被调至广袤无垠的陕北，总督陕西三边军权，抵御河套平原上蠢蠢欲动的蒙古鞑子，再度斩获不容抹杀的战功，官阶品秩晋为左都督。

但即便如此，他还是在今年七月返回了忻州老家，可谓是饱经“磨难”。