原本崖山战后本就空虚的府库，再度承压剧增。

同时，南北水兵虽经整编、各司其职，却人心隔阂未消、派系私念仍存。北兵轻视南兵降籍、南兵忌惮北兵权贵，表面一体同军，内里依旧南北两分、军心不齐。

更有蒙古勋贵始终轻视水师、视之为汉臣附庸、耗财冗军，日后朝堂财用紧张、国力衰退之时，必是最先裁撤、最先克扣、最先舍弃的军政重器。

大元看似练成了冠绝当世的无敌水师，实则为日后国库耗竭、海防废弛、水军崩坏、东南无防，早早埋下了无可挽回的祸根。